La région de Confignon était vraisemblablement habitée avant l'ère chrétienne. Cependant, fort peu de vestiges en témoignent : une hache de pierre mise à jour à Chèvres, une défense de mammouth au Moulin des Evaux, des sépultures et poteries diverses (datées de la fin du 3ème siècle) et les vestiges d'une villa romaine à l'intersection des chemins de Narly et de Sur-le-Beau à …. Confinius !

Il n'existe que peu d'informations sur le Moyen-Age avant le 12ème siècle. C'est alors que l'on trouve des traces et documents concernant les seigneurs de Confignon (1188 pour Amédée). Cette famille se passe titres et privilèges de père en fils jusqu'à Bernarde de Confignon qui épouse Charles de Menthon en 1547. Leur fils Jacques, Seigneur de Confignon, devient baron en 1598, dédommagement que lui accorde le Duc de Savoie suite à la destruction du château par les "Bernois". La succession est assurée par A. Maillard de Tournon puis par J. de Morand dont la famille a conservé jusqu'au 20ème siècle le titre de Baron de Confignon.

Le village se situe alors d'une part dans le diocèse de Genève qui s'étend du Dauphiné au Léman, d'autre part dans le Comté de Genevois dont l'étendue va de l'Isère à l'Aar, au temps de sa splendeur. Le Comte est donc suzerain des Seigneurs de Confignon, dont plusieurs sont également vidomnes des évêques dans l'exercice d'une juridiction civile. Le Comté de Genevois est vendu par le dernier légataire à Amédée VIII de Savoie en 1401. Confignon passe donc sous sa juridiction qui durera jusqu'en 1792, année de l'annexion française.

Genève a conservé une relative autonomie et Charles II de Savoie tente plusieurs fois de la conquérir au 16ème siècle, ceci d'autant plus que les Genevois, sous l'impulsion de Jean Calvin, ont adopté la Réforme tandis que la Savoie reste fidèle à la foi catholique. En 1536, Genève se trouve bloquée par ses ennemis. C'est alors que vient en renfort l'armée bernoise - Berne a aussi adopté la Réforme - qui envahit notre région. Les Bernois font quelques conquêtes et s'en retournent avec un riche butin.

Mais la paix ne s'établit pas pour autant définitivement. On note de nombreux conflits … et le retour des Bernois! En fin de siècle, ceux-ci détruisent, entre autres, le château de Confignon tandis qu'en 1602 le Duc de Savoie lance un dernier assaut contre Genève. C'est sa dernière et vaine Escalade (1602). Suivent près de deux siècles de chamaillis, alternés de répits, jusqu'à la Révolution française qui bouleverse à nouveau la région en 1792. Elle a notamment pour effet d'instaurer la commune d'Onex-Bernex-Confignon, district de Carouge, département du Mont-Blanc.

Cependant, le règne de Napoléon est chancelant et les troupes autrichiennes envahissent Genève, tiennent même bivouac à Confignon, Sur-Beauvent. C'est la chute de l'Empire, l'Europe est épuisée. Et les Confignonnais aussi ! Communauté de petits paysans et artisans, ils ont été contraints d'émarger à leurs maigres ressources pour satisfaire les exigences des envahisseurs successifs.

Toujours est-il que Genève et les Communes Réunies, dont Confignon, suite au traité de Turin de 1816, deviennent territoire suisse.

Diverses péripéties de nature politico-économiques amènent Onex, Bernex et Confignon à revendiquer chacune leur autonomie, ce qui est chose faite par arrêté du Grand-Conseil en 1850 et 1851.

Au début du 20ème siècle, Confignon compte 400 habitants, le double en 1960 et huit fois plus en 2001.

Quatorze maires ont présidé aux destinées de la Commune depuis 1851.
Confignon a abrité des personnages célèbres dont Jean-Jacques Rousseau et le peintre Liotard.