Ces armoiries, qui sont celles de la famille féodale de Confignon, furent adoptées par le Conseil municipal le 30 novembre 1922 et approuvées par le Conseil d’Etat le 22 décembre 1922. Elles sont sculptées sur l’église de Confignon.

Des membres de la famille de Confignon furent vidomnes de l’évêque de Genève au XIIe et XIIIe siècle. Cette famille s’est éteinte au XVIe siècle en la personne de Bernarde de Confignon, qui épousa en 1547 Charles de Menthon.

Le territoire de la commune de Confignon, cédé par le roi de Sardaigne au traité de Turin du 16 mars 1816, fut érigé en commune autonome et démembré d'Onex-Confignon par la loi du 8 octobre 1851. La commune d’Onex-Confignon avait été elle-même séparée de Bernex par la loi du 9 novembre 1850.